Il y a 37 000 ans, un secret mortel a été enterré dans une grotte au Texas. Aujourd'hui, ce secret est ignoré. Et sa découverte provoquerai la destruction de l'humanité.

Lorsqu'une attaque terroriste provoque l'effondrement d'un immeuble à Dallas, les agents du FBI Fox Mulder et Dana Scully sont conduit vers une dangereuse conspiration surpassant tout ce qu'ils peuvent imaginer. Avec l'assistance douteuse d'un docteur paranoïaque, Mulder et Scully risquent leurs carrières et leurs vies pour mettre à jour un virus mortel pouvant être d'origine extraterrestre. Et risquant de détruire toutes vies sur terre. Leurs recherches de la vérité vont les dresser contre un mystérieux Syndicat, hommes puissants prêts à tout pour garder leurs secrets intacts, puis vers une grotte au Texas, dans les locaux du FBI, et finalement vers une installation secrete dans l'Antarctique contenant le plus grand de tous les secrets.